本体：OBO 与 OWL

格式

kgdiff 读取 OBO 1.4，以及以 RDF 序列化的 OWL 本体：RDF/XML（Protégé 和 ROBOT 默认写出的 .owl 文件）、Turtle、N-Triples 和 JSON-LD。OWL/XML、函数式语法和 Manchester 语法能被识别出来，但会被拒绝并给出提示。请先把它们转换成 RDF/XML 或 Turtle，例如用 ROBOT：

robot convert --input onto.owx --output onto.owl

推荐选项

kgdiff release-1.obo release-2.obo --match id

--match id：本体的 id（CURIE、IRI）按设计就是稳定的，所以只按 id 配对术语。废弃的术语仍会通过 replaced_by（OBO）或 IAO:0100001（OWL，“term replaced by”）和替代它的术语配对，并报告为合并。默认的 auto 还可能按标签相似度把一个删掉的术语和一个新术语配成一对。
--hierarchy <predicate>：哪些谓词表示术语位于某个父类之下，这样父类变化时才会显示为“移至……下”。默认是 rdfs:subClassOf、rdfs:subPropertyOf、skos:broader、is_a、subClassOf 和 parent。指定 --hierarchy 会替换默认值；需要多个时重复使用，例如 --hierarchy is_a --hierarchy part_of，把部分–整体关系也当作层级。
--lang <tags>（RDF）：一个术语有多种语言的标签时显示哪一种，例如 --lang en 或 --lang zh,en。
--ignore-attr <key>：忽略每次发布都会变的注解（可重复）。键名在 OBO 里是标签名，例如 creation_date；在 RDF 里是缩写后的谓词，例如 dcterms:date。报告的详情面板里能看到它们。

kgdiff 报告什么

你的修改	kgdiff 的报告
用 `replaced_by` 或 `IAO:0100001` 废弃一个术语	「旧术语」合并入「新术语」（身份）
废弃一个术语，但不给替代	弃用「术语」（内容）
修改术语的父类（`is_a`、`rdfs:subClassOf`）	「术语」移至「新父类」下，原属「旧父类」
修改标签	「旧标签」改名为「新标签」（内容）
编辑同义词、定义、交叉引用、注释	修改「术语」，或修改「术语」的属性（内容）
用几个新术语取代一个术语	「术语」拆分为「a」和「b」（身份），附置信度
增删存在量词约束（`part_of some X`）	关系的新增、删除或改指向（结构）

ontology-release 示例涵盖了其中大部分：

  结构调整 7
  ⊕ 「juvenile diabetes」和「insulin-dependent diabetes mell…   身份 · 依据替代声明 ·…
  ⊕ 「heart attack」合并入「myocardial infarction」             身份 · 依据替代声明 ·…
  ⊕ 「chronic obstructive airway disease」合并入「chronic ob…   身份 · 依据替代声明 ·…
  ⇄ 「Crohn disease」移至「inflammatory bowel disease」下       结构 · 原属「intestinal…
  ⇄ 「Hashimoto thyroiditis」移至「autoimmune thyroid diseas…   结构 · 原属「hypothyroi…
  ⇄ 「tuberculosis」移至「bacterial infectious disease」下      结构 · 原属「lung disea…
  ⑂ 「diabetes insipidus」拆分为「arginine vasopressin defic…   身份 · 推断 · 置信度 80…

这几处合并来自 replaced_by：废弃的术语保留为已弃用状态，原有的关系也被转移过去。拆分则没有 replaced_by（被废弃的术语只写了 consider）：kgdiff 之所以推断出拆分，是因为新术语以旧术语的同义词命名，并接过了它的关系；它同时会报告自己有多大把握。--no-merges 和 --no-splits 可以关闭合并和拆分检测。

局限

kgdiff 比较的是本体所描述的图：术语、标签、同义词、注解、层级和存在量词约束（SubClassOf R some C 会变成一条从该术语指向 C 的关系）。它不运行推理机；其他类表达式（并集、全称约束、等价类定义）会显示为匿名节点，而不是可读的公理。要审阅逻辑公理，请同时使用 robot diff 这类公理级的工具。

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